El Lic. Roberto Gómez Reyes, publicó en el Periódico Oficial el decreto número 5274 que contenía la Ley para Administrar el Impuesto especial destinado a la Universidad Autónoma de Nayarit, en donde crea el Impuesto Adicional del 10% para el sostenimiento de la Universidad Autónoma de Nayarit, mismo que se causaría sobre los ingresos establecidos y los que llegaren a establecerse en las leyes fiscales del Estado, con la finalidad de que su producto se destinara íntegramente al incremento del patrimonio de la Universidad Autónoma de Nayarit; el impuesto adicional concentrado en la Dirección General de Hacienda sería entregado para su administración a un Patronato integrado por los representantes de los sectores: obrero, campesino, popular, de la Universidad, del Ejecutivo Local y de la iniciativa privada.

Sin embargo, aunque el Patronato UAN fue creado desde 1970 empezó a realizar actividades en beneficio de la máxima casa de estudios de Nayarit en el año 1976 sin bases administrativas, solo con la firme convicción de propiciar el desarrollo del Estado a través del fortalecimiento de la Universidad Autónoma de Nayarit.

Con el transcurso del tiempo se comenzó a visualizar que en la Ley de 1970, del Patronato antes mencionado, contaba con un sin números de lagunas y para tratar de resolver estos problemas en el decreto 7888 publicado el 29 de Noviembre de 1995 en el Periódico Oficial del Estado de Nayarit, derogatorio de su similar 5274, en donde se estableció el destino exclusivo del monto del impuesto, reguló puntualmente la integración del Patronato para Administrar el Impuesto Especial Destinado a la Universidad Autónoma de Nayarit y los requisitos de elegibilidad para los cargos de Presidente y Tesorero, el funcionamiento del Patronato como órgano colegiado así como la designación y duración de sus integrantes, además de establecer que el ejercicio del cargo sería honoríficos, es decir, sin retribución alguna por su desempeño, cosa que hasta la fecha se mantiene vigente.

A partir de 1996 se estableció que el Patronato para Administrar el Impuesto Especial Destinado la Universidad Autónoma de Nayarit, encargado de recibir, concentrar y administrar el producto del Impuesto Especial mismo que se destina única y exclusivamente a fomentar e incrementar el patrimonio de la Universidad Autónoma de Nayarit y al financiamiento de sus actividades académicas, de extensión, vinculación e investigación.

Este Impuesto Especial destinado a la Universidad Autónoma de Nayarit, se causaba y se pagaba a la tasa del 12% sobre el pago de impuestos, de derechos y productos establecidos y los que llegaran a establecerse en las leyes fiscales tanto del Estado como de los Municipios.

El 28 de Febrero del año 2009 fue publicado en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Nayarit el Reglamento de la Ley del Patronato Para Administrar el Impuesto Especial Destinado a la Universidad Autónoma de Nayarit, en el cual se aclaran algunas situaciones que establece la Ley, dentro de las que se destaca las funciones que deben de tener la Coordinación General, el Área Jurídica y el Área de Obra del Patronato antes mencionado.

El 24 de julio de 2014 se publicó en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Nayarit una reforma a la Ley del Patronato para Administrar el Impuesto Especial Destinado a la Universidad Autónoma de Nayarit, en donde se establecen modificaciones trascendentales con la finalidad de que el recurso que recaudan los Ayuntamientos de dicho estado, lleguen a este Organismo.

El 14 de junio de 2021 se publicó en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Nayarit una reforma al Reglamento Interior del Patronato UAN, estableciendo nuevos puestos y funciones en la estructura administrativa de la entidad.

El 8 de diciembre de 2021, por iniciativa  del Dr. Miguel Ángela Navarro Quintero Gobernador Constitucional del Estado de Nayarit, se publica en el Periódico Oficial la última enmienda en la Ley del Patronato UAN, donde se establece que el Impuesto Especial pasará del 12% al 15%. Asimismo, se indica que el 25% de lo recaudado será para el fomento y financiamiento de los rubros de investigación, vinculación, extensión y actividades académicas. Mientras que el 75% será destinando al pago de la deuda de la Universidad Autónoma de Nayarit, contratada hasta el 18 de septiembre de 2021.